답장이 좀 늦었습니다...

귀하의 경우 이는 민사상의 위약금의 지급과 관련이 있는 내용입니다.
상기의 상황으로 보건대 다음과 같은 상황으로 판단할 수 있을 것 같습니다.
우선 계약기간의 도래전에 프로젝트의 참여를 할 수 없다고 의사표시를 하였고,
계약서를 작성할 당시 총 금액에 대한 계약금의 일부를 받은 사실이 없으므로
위약금 형식의 손해배상 규정은 실효성이 없다고 판단됩니다.
그러나 사실관계를 따르자면 귀하가 계약기일 이전에 프로젝트에 참여하여 일을 하였고,
귀하가 중도에 그만 둠으로써 전혀 회사에 손해를 끼치지 않았다고 판단하기는 어려운 상황이므로 일정부분의 책임은 있을 수 있을 것입니다. 그러나 계약서 상에 기입된 것처럼 총 계약금의 2배의 책임을 전가하는 것은 형평에 어긋난다고 보여집니다.
만일 회사가 귀하에게 민사상의 손해배상을 청구한다하더라도 귀하의 프로젝트에 대한 역할, 중요도 등에 따라서 책임의 정도는 달리 적용될 것이며, 일정부분의 손해배상 책임은 있을 수  있겠으나 전체 금액의 2배까지 손해배상의 가액이 산정되지는 않을 것으로 판단됩니다.
너무 조급하게 생각하지 마시고, 회사에게 상황을 잘 설명하고 이해는 구하는 것이 나으리라는 판단입니다.  
그럼 참고하기시 바랍니다.