질문하신 님의 계약직이 회사에 고용형태를 갖는 것인지 아님 순수한 프리랜서 계약인지가 중요합니다..
실제로 프리랜서들은 일정업무의 완수를 목표로 위임계약이나 도급계약(용역)을 체결하는 경우가 많지요. 이경우에는 업무의 경과나 근로에 대한 지휘감독권이 회사에게 있지아니하고, 순수하게 모든 것이 계약자의 자율에 맡겨지고 단지 업무의 완수만(즉, 채무의 이행)이 위임되어 있는 경우랍니다.  
쉽게 생각해서 계약직이라 하더라도 출퇴근이 정해져 있거나 계약금의 지급이 업무완수에 따라 전체 계약(도급 또는 용역비)금액으로 정해져 있지 아니하고, 월급형태로 일정기간동안 얼마라고 정해진 경우, 도는 팀장으로부터 업무의 지위명령을 받는 경우 등을 종합적으로 판단하여 계약직 근로자성이 인정될 수 있답니다.
이 경우에 한해서 근로자성이 인정되며, 귀하가 말씀하신 대로 근로기준법상의 위약금예정의 금지 규정이 적용되는 것입니다. 만일 근로자로 인정된다면 이는 법 위반이며, 이를 위반할 경우 500만원 이하의 벌금형에 처해질 수 있습니다.
그러나 민법상의 위임이나 도급계약에 해당하는 경우에는 근로계약이 아니기 때문에 위약금예정이 가능할 수도 있다는 결론입니다. 그러니 근로제공의  형태를 잘 파악해보세요...
계약직으로 일하는 것이 상기한 바와 같이 근로계약인지 프리랜서 계약인지를 우선 판단하여야만 대처방안을 강구할 수 있답니다.
그럼 참고가 되시길 바라며, 구체적인 근로 형태를 다시 말슴해 주시면 상세히 답변드리겠겠습니다.  
>수고많으십니다.
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>계약자 프로그래머인데요?
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>계약조항에 이런단서가 있어서요 3개월내로 못할시 하루에0.7%계약금에 위약금과 손해배
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>상액을 물라고 하는데 3개월이 좀 어려울거 같은데.... 이동통신사에 검수 과정도 있고 일
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>정 잡기도 애메 모한데.. 물론 이회사에서 011을 합격하고 해줬습니다. 검수 떨어지고 모
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>하고 그러니깐 진짜 오래걸리더군요 WAP RPG게임 만드는거 였는데여 양이 방대하고 스
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>캐일 커서 011할때도 애많이 먹었는데 요번엔 016인데 요번계약은 위약금조항이 있더군여
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>근데 제가 생각할땐 근로기준법 27조에 해당하는 사항이 아닌가 십네요 27조를 어떻게 해
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>석해야할지
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>제27조(위약예정의금지)
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>사용자는 근로계약 불이행에 대한 위약금 또는 손해배상액을 예정하는 계약를 체결 하지
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>못한다.
>* 정진호님에 의해서 게시물 복사되었습니다 (2003-12-04 22:22)