임금체불에 관하여 도움을 구합니다

프로젝트 중간에 과중한 업무과 임금체불로 회사를 그만두고
노동부에 신고하였습니다.

기존에는 지각과 상관없이  이 일이 거의 연장근무를 하기때문에 연봉계약으로 월급을 받아왔는데
막상 그만두고 나니깐 출근시간도 체크도 안했는데  지각과 결근을 따져서 월급을 주겠다고 합니다.
그래서 사장이 근태현황을 엉터리로 작성해서 노동부에 제출했고
노동부에서는 저에게 확인 전화통화를 했는데 당연히 안맞기 때문에
회사 사무실에 가서 당사자들끼리 근태를 확인하라고 합니다.

그렇게한다면 뻔히 합의가 안되고 싸움만 날텐데
이게 말이 됩니까?
노동부에서 그렇게 처리한게 업무상 맞는건지 모르겠습니다.

법적으로 기존에 받아던 임금에서 퇴사후 근태를 따져서 임금을 주는게 타당성 있는것인지 그리고 근로시간외 연장근무 수당과 야근수당을 요구한다면 받을 수 있는지 궁금합니다. 그리고 진정서 신고한 상태에서 근로자와 고용주가 서로 주장하는 체불임금이 다른경우는 노동부에서는 어떻게 처리해주는지 알고싶습니다.

매월 식대를 받기위해 연장근무 시간을 적어서 제출한 퇴사당월 외에는 문서는 있습니다.